细胞器组装 -- 细胞器 -- spades

SPAdes的安装

1、conda 安装

conda install -c bioconda spades
2、预编译可执行文件安装（下载并解压后即可使用）

# 下载可执行文件并解压

wget http://cab.spbu.ru/files/release3.15.5/SPAdes-3.15.5-Linux.tar.gz
tar -xzf SPAdes-3.15.5-Linux.tar.gz
# 切换到bin目录

cd SPAdes-3.15.5-Linux/bin/
# 添加环境变量（临时）

export PATH=$PATH:$(pwd)
# 验证安装

spades.py --test

for link in /share/nas1/yuj/software/miniconda3/envs/getorganelle/bin/spades-*; do
    file=$(basename "$link")
    ln -sf "../share/SPAdes-3.15.5-Linux/bin/$file" "$link"
done